Genomics CORE (gCORE) facility

Responsabile Alessia Ciarrocchi

É una struttura multidisciplinare ad alta specializzazione, dedicata alla generazione ed interpretazione di dati omici ad alta profondità per applicazioni di ricerca di base, traslazionale e clinica. Combina competenze nell’ambito della biologia molecolare, genomica funzionale, biostatistica e bioinformatica.
La gCORE Facility offre un’ampia gamma di servizi e competenze ai ricercatori e clinici del AUSL-IRCCS o di Istituti esterni sia nazionali che internazionali, opera in maniera trasversale su tutte le progettualità interne e/o esterne alla SC Ricerca Traslazionale. 

Grazie alla gestione centralizzata delle attività la gCORE Facility opera con una vasta gamma di tecnologiche e approcci per eseguire analisi genomiche ad alto rendimento.

La struttura segue tutti gli aspetti del processo, dall’estrazione degli acidi nucleici al sequenziamento all’analisi bioinformatica primaria e secondaria, avendo sviluppato negli anni le competenze specifiche nella gestione e sequenziamento dei campioni complessi (inclusi FFPE e/o scarsi), di ogni origine e le competenze di analisi attraverso la costituzione di un team dedicato di bioinformatici. Le attività svolte dalla gCORE Facility ricadono in due settori applicativi: l’erogazione di prestazioni di ricerca, il trasferimento tecnologico e/o di competenze tecnologiche-scientifiche
 

Applicativi disponibili

• Profili Genetici: Whole genome sequencing, Exome sequencing, Amplicon sequencing, Targeted sequencing, Capture-Sequencing (CAP-Seq)
• Trascriptomica: Whole transcriptome sequencing, Poly-A enrichment, Ribodepletion, SMART-Seq for ultra-low input, Ribosequencing
• Cromatina (struttura e Funzione): ChIP-Seq/CUT&RUN, ATAC-Seq
• Funzionali: CRISPR Screens
• Single Cells: 10X Genomics scRNA-Seq, 10X Genomics Multiome
• Spatial: Nanostring GeoMx-DSP
• Tecnologie di Sequenziamento (Illumina): NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq